Stikkord:
Her velges de beste rånene ut
Overingeniør Hanne Hamland i Norsvin leser av arvematerialet til grisene. Det er på her på lab´en grunnlaget legges for å komme igjennom nåløyet til rånetest på Delta.
Svin nr. 8 – 2022
Arvematerialet er grisens DNA. Her i laboratoriet hos Norsvins FoU-avdeling, nærmere bestemt på Institutt for husdyrfag ved NMBU, jobber bioteknolog og overingeniør Hanne Hamland med DNA-prøver fra nyfødte grisunger. Hun jobber med genotyping.
– Grisungene ute hos våre avlsbesetninger øremerkes når de blir født. Deretter sendes øremerkene til laboratoriet i Biobanken på Hamar der DNA-et blir ekstrahert, eller trukket ut fra prøvene, sier Hamland.
Aktuelle råner
Det er prøvene fra rånene som er mest aktuelle for seleksjon til Norsvins råneteststasjon Delta på Bjørke forsøksgård i Hamar kommune, som kommer inn til laboratoriet.
– Det tas prøver av alle rånene, men det er prøvene fra de beste kullene som sendes til analyse. Disse prøvene haster det mest å få svar på. Faglig leder Lina Marie Neby på Delta velger kun de aller beste fra kullene etter at resultatet fra genotypingen kommer inn, sier Hamland.
– Jeg er avhengig av at volumene i prøvene er riktig og at tidene blir fulgt nøyaktig, sier Hanne Hamland.
Viktige resultater
Resultatene fra genotypingen er derfor essensielle. En gris arver halvparten av DNA-et sitt fra mor og halvparten fra far.
– Når vi genotyper ser vi at noen dyr i et kull har arvet de samme delene av DNA fra foreldrene, mens andre dyr i kullet har arvet andre deler av foreldrenes DNA. Derfor vil noen dyr i kullet være mer genetisk like hverandre enn andre, sier Hamland.
Genetisk slektskap
Genotypeinformasjonen brukes til å beregne nøyaktig genetisk slektskap. Ikke bare mellom dyr i et kull, men mellom alle dyr som er genotypet i hele populasjonen. Det genetiske slektskapet fra genotypene brukes til å beregne mye mer nøyaktige avlsverdier basert på slektningenes prestasjoner.
«Det tas prøver av alle rånene, men det er prøvene fra de beste kullene som sendes til analyse. Disse prøvene haster det mest å få svar på»
– Produsentene ser at når genotypeinformasjonen kommer inn i avlsverdiene, så «spretter» de dyra øverst eller nederst på lista, og spredningen blir større også innad i kull. Vi får en mye større presisjon i seleksjonen med genotyper i avlsverdiene. Du kan se hvilken råne i kullet som er den beste. Da blir det enkelt for Lina Marie på Delta å velge riktig råne av alle i kullet, sier hun.
Genotypes
Purkene fra de samme kullene genotypes også, men disse prøvene sendes til Neogen Corporations lab i Auchincruive i Skottland.
– Dette blir mødrene til neste generasjon. De genotypes i Skottland fordi de har større kapasitet, og fordi vi har litt bedre tid på å få disse resultatene klare. På laboratoriet i Skottland genotypes også alle prøver fra resten av Topigs Norsvin, inkludert Delta i Canada.
400 prøver
Det kommer rundt 400 prøver til Hamland hver uke, og de velges ut på mandager.
– Da velges hvilke prøver som skal til analyse her, og hvilke som skal til Skottland. For min del har jeg da fire dager på meg. Det vil si at det tar fire dager fra jeg har DNA-prøvene til jeg har resultatene klare, sier hun.
DNAet kopieres
I følge Hamland er første steg å ha prøvene i små «brønner» på et brett. Så kopieres alt DNAet, renses og gjøres klart. Den andre dagen settes prøven på en chip. Det går 96 prøver på en chip, og maks kapasitet på laben hos henne er åtte chiper på en kjøring. Den fjerde dagen er prøvene klare.
– Jeg er avhengig av at volumene i prøvene er riktig, og at tidene blir fulgt nøyaktig. Det blir litt som å bake. Du følger en oppskrift, en prosedyre, eller en protokoll som vi kaller det. Det går etter klokka hele uka kan du si, forteller hun.
Hanne Hamland har ansvaret for genotyping i Norsvins laboratorium på NMBU i Ås.
Spesifikk chip
Chipene og reagensene som brukes i genotypingen er bestilt fra et selskap som heter Illumina. De har utviklet protokollen som benyttes. Selskapet har laget en chip spesifikt for Topigs Norsvin som brukes sammen med DNA-markører tilpasset Topigs Norsvins griser.
Hamland har en mastergrad i bioteknologi fra Universitetet i Tromsø, og har jobbet som overingeniør i Norsvin. Hun har jobbet i Norsvin siden 2007, og med genotyping siden 2009. Hun og de andre involverte startet med genomisk seleksjon (genotyper i produksjonen/avlsverdiene) i 2012.